La denominación "Fisioterapeuta" apareció a principios del siglo XX. Hasta 1957, este nombre se utilizó como especialidad médica, que posteriormente fue sustituido por el de Fisiatra, o especialista en Medicina Física y Rehabilitación.
La formación de profesionales no médicos como fisioterapeutas comenzó en 1957, a través de los "cursos de rehabilitación" creados por la Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (SCML). La primera responsable del curso de Fisioterapia fue la Srta. Anne Cepik, fisioterapeuta de los Estados Unidos de América (EE.UU.), y los primeros fisioterapeutas fueron formados por profesionales de EE.UU., Dinamarca y Gran Bretaña.
El 12 de noviembre de 1960 se creó la Asociación Portuguesa de Fisioterapeutas.
Los primeros fisioterapeutas formados realizaron cursos de perfeccionamiento en EE.UU. y, a partir de 1963, fueron realizados por fisioterapeutas portugueses. Estos cursos de rehabilitación llevaron a la creación de la Escuela de Rehabilitación de Alcoitão en 1966, como parte del Centro de Medicina y Rehabilitación de Alcoitão. También en 1966, la Orden Ministerial 22034 de 4 de junio de 1966 marcó la introducción del "Título Profesional de Fisioterapeuta" en Portugal.
En los primeros años de esta profesión, las líneas dominantes de formación de fisioterapeutas y el desempeño de la función respectiva siguieron dos líneas principales: A nivel de la Santa Casa da Misericórdia, con la creación de los cursos de Rehabilitación y posteriormente de la Escuela de Rehabilitación de Alcoitão, y a nivel de los hospitales del Estado, con la creación de los cursos de Auxiliar de Fisioterapia y de Técnico Fisioterapeuta. Cabe mencionar también la formación específica en los Territorios de Ultramar y en el ejército.
A principios de los años 70, el sistema sanitario se reestructuró con la publicación del Decreto Ley 414/71, de 27 de septiembre, que instituyó la carrera de "Terapeutas Técnicos", limitando el acceso a los profesionales con el "Título Profesional de Fisioterapeuta".
En 1977, se creó la enseñanza superior de corta duración (Decreto Ley 427-B/77). Como resultado, la Escuela de Rehabilitación de Alcoitão fue incluida como centro de enseñanza superior.
A pesar del intento de mantener la fisioterapia como titulación de enseñanza superior, en 1982 se crearon las Escuelas Técnicas de los Servicios de Salud de Lisboa, Oporto y Coimbra, que incluían la formación de técnicos en fisioterapia. En 1985, la evolución de la carrera profesional sustituyó la denominación de "Técnico Auxiliar de Servicios Complementarios" por la de "Técnico de Diagnóstico y Terapéutica", que incluía 18 profesiones.
El nuevo plan de estudios de Fisioterapia entró en vigor en el curso 1990/1991 en la Escuela de Rehabilitación de Alcoitão. En 1993 se crearon las Escuelas Superiores de Tecnologías Sanitarias de Lisboa, Oporto y Coimbra, que se integraron en el sistema nacional de Enseñanza Superior Politécnica.
En 1993, el Decreto-Ley nº 415/93, de 23 de diciembre, integró la fisioterapia en la enseñanza superior.
A partir de 1999, el Departamento de Recursos Humanos Sanitarios (actual ACSS) estableció la obligatoriedad de la colegiación de los diplomados en fisioterapia.
A finales de los años 90 y principios de siglo, el número de Instituciones de Enseñanza de Fisioterapia creció considerablemente, con la creación de 11 instituciones entre 1997 y 2009.
En 2004, el "Informe sobre la implantación del proceso de Bolonia a nivel nacional, por áreas de conocimiento - Tecnologías Sanitarias" ( Lopes.A, 2004 ) propuso que el primer ciclo, en el modelo de Bolonia, durase 4 años, correspondientes a 240 ECTS.