Le nom de "physiothérapeute" est apparu au début du 20e siècle. Jusqu'en 1957, ce nom était utilisé comme une spécialité médicale, qui a ensuite été remplacée par Physiatrist, ou spécialiste en médecine physique et en réadaptation.
La formation de professionnels non médicaux en tant que physiothérapeutes a commencé en 1957, dans le cadre des "cours de réhabilitation" créés par la Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (SCML). La première responsable du cours de physiothérapie a été Mlle Anne Cepik, une physiothérapeute des États-Unis d'Amérique (USA), et les premiers physiothérapeutes ont été formés par des professionnels des États-Unis, du Danemark et de Grande-Bretagne.
Le 12 novembre 1960, l'Association portugaise des physiothérapeutes a été créée.
Les premiers physiothérapeutes formés ont suivi une formation complémentaire aux États-Unis et, à partir de 1963, cette formation a été assurée par des physiothérapeutes portugais. Ces cours de rééducation ont conduit à la création de l'école de rééducation d'Alcoitão en 1966, dans le cadre du centre de médecine et de rééducation d'Alcoitão. C'est également en 1966 que l'arrêté ministériel 22034 du 4 juin 1966 a marqué l'introduction du "titre professionnel de physiothérapeute" au Portugal.
Dans les premières années de cette profession, les lignes dominantes de la formation des physiothérapeutes et de l'exercice de leurs fonctions respectives suivaient deux axes principaux : Au niveau de la Santa Casa da Misericórdia, avec la création des cours de rééducation et, plus tard, de l'école de rééducation Alcoitão, et au niveau des hôpitaux publics, avec la création des cours d'assistant en physiothérapie et de technicien en physiothérapie. Il convient également de mentionner la formation spécifique dans les territoires d'outre-mer et dans l'armée.
Au début des années 1970, le système de santé a été restructuré par la publication du décret-loi 414/71 du 27 septembre, qui a institué la carrière de "thérapeutes techniques", limitant l'accès aux professionnels ayant le "titre professionnel de physiothérapeute".
En 1977, l'enseignement supérieur à court terme a été créé (décret-loi 427-B/77). En conséquence, l'école de réadaptation d'Alcoitão a été incluse comme centre d'enseignement supérieur.
Malgré la tentative de maintenir la physiothérapie comme diplôme d'enseignement supérieur, les écoles techniques des services de santé de Lisbonne, Porto et Coimbra ont été créées en 1982 et ont inclus la formation des techniciens en physiothérapie. En 1985, l'évolution de la carrière professionnelle a remplacé l'appellation "technicien auxiliaire des services complémentaires" par "technicien diagnostique et thérapeutique", qui comprend 18 professions.
Le nouveau programme de physiothérapie est entré en vigueur au cours de l'année universitaire 1990/1991 à l'école de rééducation d'Alcoitão. En 1993, les écoles supérieures des technologies de la santé de Lisbonne, Porto et Coimbra ont été créées et intégrées au système national d'enseignement supérieur polytechnique.
En 1993, le décret-loi n° 415/93 du 23 décembre a intégré la physiothérapie dans l'enseignement supérieur.
À partir de 1999, le ministère des ressources humaines en santé (aujourd'hui l'ACSS) a rendu obligatoire l'enregistrement professionnel des titulaires de cours de physiothérapie.
À la fin des années 1990 et au début du siècle, le nombre d'établissements d'enseignement de la physiothérapie a considérablement augmenté, avec la création de 11 établissements entre 1997 et 2009.
En 2004, le "Rapport sur la mise en œuvre du processus de Bologne au niveau national, par domaines de connaissance - Technologies de la santé" ( Lopes.A, 2004 ) a proposé que le premier cycle, dans le modèle de Bologne, dure 4 ans, ce qui correspond à 240 ECTS.