A Ordem dos Fisioterapeutas mantém vários protocolos institucionais que visam fortalecer a cooperação com diversas entidades, tanto nacionais quanto internacionais. Esses protocolos facilitam o intercâmbio de conhecimento, a realização de projetos conjuntos e a promoção de boas práticas na fisioterapia. Ao estabelecer e manter esses acordos, a Ordem garante que seus membros tenham acesso a uma vasta rede de recursos e oportunidades que contribuem para o desenvolvimento profissional e para a melhoria contínua dos serviços prestados à sociedade. A Ordem tem protocolos com as seguintes entidade:
- Entidade Reguladora da Saúde (ERS)
- Autoridade Nacional de Emergência e Proteção Civil (ANEPC)
- Unidade Local de Saúde de São José (ULS São José)
